关于在北京新能源车办理进京通行证是否有优惠的问题，根据目前公开的信息，并未直接提及新能源车在办理进京通行证时享有特殊优惠。不过，北京市为了推动新能源物流车的发展，已经出台了一系列相关政策，如允许新能源物流配送车辆在五环路内享有优先通行权，以及为老旧燃油货车报废更新为新能源货车提供补贴等，这些都可以视为对新能源车的一种间接支持。

至于电动车指标的办理，这通常涉及到北京市的小客车指标调控管理。根据北京市的相关规定，单位和个人需要符合一定条件才能申请电动车指标，如持有有效的驾驶证、名下没有本市登记的小客车等。具体的申请流程包括在网上提交申请、审核资格、参加摇号等步骤。由于电动车指标的申请和分配受到北京市交通委员会的严格管理，因此建议申请人及时关注北京市小客车指标调控管理信息系统的官方网站或相关渠道，以获取最新的申请指南和政策信息。

总的来说，虽然目前北京市并未直接提供新能源车办理进京通行证的优惠，但已经通过其他方式积极推动新能源车的发展。同时，电动车指标的办理也需要遵循北京市的相关规定和流程。